环状RNA常用数据库使用介绍
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欢迎个人转发到朋友圈，公众号、自媒体、网站等媒体转载请联系授权，circRNA@163.com
充分利用环状RNA相关的在线数据库，可以很好地帮助到平时的实验研究工作。下面我们介绍环状RNA相关的几个重要数据库。
circBase数据库
1、选择感兴趣的circRNA
这里以“HIPK3”基因为例，打开circBase网站（http://circrna.org/），在搜索框中输入兴趣基因“HIPK3”名称，点击“search”按钮。
2、搜索结果选择
“HIPK3”基因对应的环状RNA有多个，其中hsa_circ_0000284在多种细胞和组织中皆有表达，表达水平很高，可以列为重点研究的候选分子。
3、获取环状RNA序列
点击菜单栏的“fasta”，跳转到序列获取界面，这里可以选择获取“genomic”和“spliced” 基因组和剪接后序列，也可以选择增加上环状RNA分子上游或下游序列，仅环化剪接位点附近序列，进行扩展。一般我们选择“spliced”即可获得环状RNA分子的完整成熟序列了。
>hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............；
CircNet数据库
CircNet数据库数据来源基于转录测序结果，并进一步联合microRNA等信息进行了整合分析，功能强大。数据库网址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
该数据库整合了以下信息：circRNA分子序列；circRNA与miRNA及靶基因的调控网络；circRNA分子的表达谱；circRNA分子的基因组注释。
还是以“HIPK3”为例，检索结果不仅显示了与HIPK3环状RNA相关的miRNA分子，也有环状RNA表达谱数据和基因组定位等信息。
CircInteractome数据库
CircInteractome数据库整合的信息有以下几类：
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA
1、circRNA分子检索
点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”
2、获取circRNA详细信息：通过第一步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面，如下图。
3、circRNA的PCR引物设计：该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计，操作如下：
输入circRNA分子ID号，点击divergent primers search，即可获得查询circRNA分子的junction sequence，下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行选择。
点击primer3后得到网站自动设计好的引物，具体结果见下图。
3、circRNA的PCR引物设计：该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计，操作如下：
输入circRNA分子ID号，点击divergent primers search，即可获得查询circRNA分子的junction sequence，下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行选择。
点击primer3后得到网站自动设计好的引物，具体结果见下图。
4、circRNA的siRNA干扰序列设计：该数据库还提供了针对circRNA的siRNA序列设计，非常实用。
下图是针对“hsa_circ_0000284”软件设计后给出的siRNA序列
deepbase数据库
中山大学推出的deepbase数据库主要强调ceRNA分子网络互作，其中也整合了circRNA相关信息。网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/
有效且灵活地整合在线circRNA相关数据库知识，可以很好地为实验提供思路和指导。
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